Le shochu est fabriqué à l’aide de micro-organismes : la moisissure koji (Aspergillus) et la levure. Ces êtres vivants travaillent dur pour fabriquer un délicieux shochu. Le riz et l’eau, qui sont les matières premières du shochu, sont utilisés pour créer un environnement permettant à ces micro-organismes de se développer. On applique les moisissures koji sur du riz cuit à la vapeur afin de cultiver le koji (moût d’amorçage), puis en ajoutant de l’eau et de la levure, on obtient le moromi (moût fermenté ou moût final). On ajoute ensuite du riz cuit à la vapeur et de l’eau, et ce moût est à nouveau l’objet d’une fermentation et d’une distillation. Cette méthode est appelée « fermentation en deux étapes », car elle exige que la fermentation du moût ait lieu à deux reprises. Cette fermentation à base de moût de riz est une excellente technique qui est caractéristique des liqueurs japonaises.